Управление школой осуществляется в соответствии с Федеральным законом Российской Федерации от 29 декабря 2012г. №273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» и Уставом школы  на принципах демократии, гуманизма, общедоступности, приоритета общечеловеческих ценностей, жизни и здоровья человека, гражданственности, свободного развития личности, защиты прав и интересов обучающихся, автономности и светского характера образования. Управление школой осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и самоуправления коллектива.

Учредитель - Елизовский муниципальный район

Права учредителя осуществляют  Елизовский муниципальный район, Управление образования Администрации Елизовского муниципального района - муниципальное казенное учреждение.

Первый уровень структуры управления — директор (руководитель) -– воплощает единоначалие и несущий персональную ответственность за все, что делается в школе всеми субъектами управления. Директор школы определяет совместно с педагогическим советом школы стратегию развития учреждения, представляет её интересы в государственных и общественных инстанциях. Директор школы несет персональную юридическую ответственность за организацию жизнедеятельности школы, создает благоприятные условия для развития школы.

Второй уровень структуры - органы самоуправления, имеющие тот или иной правовой статус: педагогический совет, общее собрание трудового коллектива. Субъекты управления этого уровня обеспечивают единство управляющей системы в целом, определяют стратегическое направление развития школы, всех ее подразделений.

Третий уровень структуры управления – уровень заместителей директора (по содержанию – это уровень тактического управления). Каждый член администрации руководит определенным направлением или подразделением учебно-воспитательной системы согласно своему административному статусу. Этот уровень выступает звеном опосредованного руководства директора образовательной системой. Его главная функция согласование деятельности всех участников процесса в соответствии с заданными целями, программой и ожидаемыми результатами, то есть добиваться тактического воплощения стратегических задач и прогнозов.

 Четвертый уровень организационной структуры управления – уровень учителей, педагогических работников и функциональных служб, структурных подразделений школы. Методические объединения, методический совет – структурные подразделения методической службы школы.

Пятый уровень организационной структуры – уровень учащихся, родителей, органов ученического самоуправления.

В связи с тем, что в МБОУ "Нагорненская СШ" структурные подразделения не предусмотрены уставом школы, то наименование структурных подразделений, сведения о руководителях структурных подразделений, места нахождения и контактные телефоны, адреса электронной почты, а также адреса официальных сайтов в сети «Интернет» структурных подразделений, положения о структурных подразделениях на сайте отсутствуют.